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克莱佩达是由波罗的部落于12世纪建立的。有很长一段时间它属于东普鲁士，当时叫做梅梅尔。

这个波罗的海港是1252年由条顿骑士团（Deutscher Orden）所建立，并纪录为拉丁文Castrum Memele（意思为梅梅尔堡垒，德文为Memelburg或Mimmelburg）。1254年时克莱佩达被授予鲁贝克城市权（das lübische Stadtrecht）。条顿骑士团将这个地区皈依为基督教。1422年的《梅尔诺海和约》（der Frieden von Melno-See）确立了普鲁士省与立陶宛之间的边界。梅梅尔被包含在普鲁士的范围里面，一直到1919年这条边界都未曾变动过。这是欧洲未变动时间最久的边界之一。

从1472年起梅梅尔在《普鲁士地方煤屑法案》（das Kulmer Stadtrecht）的城市下受到治理。1525年梅梅尔在普鲁士公爵（Albrecht von Brandenburg-Ansbach-Preussen）的统治下，改信路德教派。这开启了该城市港口一段长时间的繁荣兴盛，因为普鲁士领地是波兰采邑，在之后便成为波兰立陶宛邦联（拉丁文：Regnum Serenissima Poloniae；波兰语：Rzeczpospolita Obojga Narodów ）的一部分。得利于靠近尼曼河河口的地理位置，这个边界城市成为了与隔邻立陶宛连络的港口。繁荣时期结束于1629年到1635年梅梅尔遭到瑞典的攻击、破坏与占领。它经历过多次的重建，并且在75年之后有大批的梅梅尔居民死于瘟疫。1871年统一的德国创立之后，梅梅尔成为了德国最东北边的城市。

1919年克莱佩达被列为协约国的保护地。在《凡尔赛和约》签订之后，梅梅尔这一块地区与德国分离，并且成为法国占领之下的一块自治区。不过，1923年在布德瑞斯上校（Budrys）指挥的立陶宛部队攻击下，法国部队离开了这块地区。梅梅尔于1939年3月22日在德意志第三帝国合并奥地利、苏台德地区与捷克斯洛伐克之后，也遭到合并。

在二次大战期间，从1944年末开始一直到1945年，克莱佩达居民在激烈的战火下逃离此地。这个城市在1945年1月被红军占领，并归还给立陶宛苏维埃社会主义共和国。

许多还留着的居民被遣送到西伯利亚，而其他人则被驱逐到德国。